광범위하게 일반적으로 적용 가능하며 구조 유사성이 아닌 타깃 결합 유사성을 표현할 수 있는 화합물 간의 유사성 탐색 방법으로 보다 민감하게 유사한 기능을 갖는 화합물을 탐색하고 화합물의 작용 기전을 밝히는데 있어 유용한 기술임
진화적 타깃 결합정보를 화합물 사이의 관계에 대한 유사성 점수로 수치화하는데 유사성 점수는 화합물간 보다 복잡한 결합 특성을 비교할 수 있으므로 기능적 유사성을 모델링 함으로써 대규모 리간드 기반의 스크리닝, 타깃 특이적 리간드의 식별, 약물